Khúc Linh Phong bị vạ lây đuổi khỏi Đào Hoa đảo vì muốn lấy lòng Hoàng Dược Sư, biết ông thích thư hoạ nên cố tình vào cung trộm về nhưng không may bị đại nội thị vệ giết chết. Sau này, bức tranh đầu mối được Quách Tĩnh và Hoàng Dung giải mã được. Nhờ binh pháp trong Vũ Mục di thư mà Quách Tĩnh có thể giữ được thành Tương Dương khỏi quân Mông Cổ. Sau này, thành Tương Dương thất thủ, Quách Tĩnh và Hoàng Dung cất giấu miếng sắt có vẽ bản đồ chỉ đường đến Đào Hoa đảo để lấy Vũ Mục di thư trong Đồ Long đao.

Sau này cả Đồ Long đao và Ỷ Thiên kiếm bị Chu Chỉ Nhược dùng kế đánh cắp được từ tay của Kim Mao Sư Vương Tạ Tốn (nghĩa phụ của Trương Vô Kỵ) và con gái của Nhữ Dương Vương là Triệu Mẫn quận chúa. Chu Chỉ Nhược đập gãy đao kiếm và sở hữu được bí kíp của Cửu Âm chân kinh và Vũ Mục di thư. Đồ Long đao bị gãy làm đôi, đã được đệ tử Minh giáo gia công rèn lại, cuối cùng Trương Vô Kỵ chính là người sở hữu Đồ Long đao, dùng nó để hiệu lệnh thiên hạ, cùng chung sức chống giặc Nguyên xâm lược. Sau này, vì bất mãn Chu Nguyên Chương cùng sự không ham màng danh lợi, Trương Vô Kỵ đã từ bỏ tất cả truyền lại chức giáo chủ Minh giáo cho Dương Tiêu. Dương Tiêu tuổi già nên không tranh lại được Chu Nguyên Chương. Chu Nguyên Chương sau đó thống lĩnh Minh giáo và vận dụng binh pháp trong Vũ Mục di thư đánh đuổi người Mông Cổ, lập ra nhà Minh trở thành Hồng Vũ hoàng đế tức vua Minh Thái Tổ (chữ Minh chỉ Minh giáo vì Minh giáo là lực lượng nòng cốt của Thái Tổ). Minh Thái Tổ lên ngôi, liền tàn sát công thần. Minh giáo bị xem như tà giáo, phải rút lui vào trong bóng tối và trở thành Nhật Nguyệt thần giáo.